해운회사의 주무 부처는 과거 해운항만청을 거쳐 현재는 해양수산부로 되어있다.

해양수산부에는 해양 관련 과 수산 및 어업 관련 그리고 일부 항만 및 해운회사와 관련된 업무를 담당하고 있다. 

새 정부 공약으로 해양수산부가 부산으로 이전하고 이에 따라 해운회사들의 본사도 부산으로 가야 한다는 정부의 입김과 북극항로 개척에 따른 정책으로 일부 해운회사들은 숨이 가빠져 있다.

사실 해양수산부가 주무관청이기는 하나 전반적으로 해양과 어업, 수산에 관련된 행정업무가 가장 비중을 많이 차지하고 있는 현 상황에서는 기존의 부산지사에 근무 인력과 추가 전문인력을 통하여서도 해양수산부와 업무 연결이 충분히 가능하기 때문이다. 굳이 대표이사나 임원급이 해양수산부를 출입할 요인이 없거니와 과거처럼 사장이 관에 불려들어가는 세상도 아니기 때문이다.

해양수산부의 부산 이전은 부산지역 경제 활성화 및 부산항만 발전과 북극항로 개척에 따른 연결고리이지만 실행이 되더라도 유럽지역 서비스 선사에게 해당이 될 뿐 모든 해운회사가 북극항로를 가야 하는 것은 아니다. 당연히 인트라 아시아 권역을 운항하는 해운회사들에는 관계성이 먼 이유이기도 하다.
지역경제 활성화 역시 해운회사 소재지에 국한될 뿐이지 부산 전 지역의 경제를 해운회사 본사가 활성화 시킨다는 것은 더더욱 현실성이 없는 이유이기도 하다.

특히 현재 우리나라의 국적선사 대부분이 인트라 아시아 권역 서비�